Přepravní výkon necelých 165 milionů cestujících při 6 590 milionech osobokilometrů i 13 770 milionů tunokilometrů v nákladní dopravě znamená za poslední desetiletí značný pokles.[74]
Od roku 1991 je Česká republika zapojena do sítě mezinárodních vlaků EuroCity, od roku 2005 zajišťují některá z mezinárodních spojení i vlaky SuperCity, jejichž těžiště je na lince Praha – Ostrava.
Největším železničním dopravcem jsou České dráhy. Jejich dceřiná společnost ČD Cargo je pátým největším železničním nákladním přepravcem v Evropě.[zdroj?] Nákladní železniční trh je liberalizován, liberalizace v osobní dopravě probíhá. Většina osobní železniční dopravy je podporována z veřejných rozpočtů prostřednictvím dlouhodobých smluv s dopravci.
