V roce 1526 nastoupila na český trůn dynastie Habsburků, která zemi postupně včlenila do habsburské monarchie. V letech 1547 a 1618
vypukla proti panovníkovi ozbrojená povstání českých protestantských
stavů. Defenestrace císařských místodržících v roce 1618 se stala i
počátkem třicetileté války. Vojsko českých stavů bylo roku 1620 v bitvě na Bílé hoře poraženo a stavové byli veřejně popraveni v Praze.
Začala násilná rekatolizace
českých protestantů. Rozsáhlý majetek české šlechty a inteligence
připadl věrným stoupencům Habsburků. Do poloviny 17. století klesla
populace v Čechách a na Moravě z 2.6 milionu na zhruba 1.5 milionu
obyvatel. Roku 1627 bylo pro Čechy vydáno Obnovené zřízení zemské, kterým Habsburkové získali Český královský titul dědičně, jediné povolené náboženství bylo prohlášeno Katolické a jazyk německý byl zrovnoprávněn s českým.
Správními reformami Marie Terezie v roce 1749 byly Země Koruny české de facto zrušeny, ale i nadále se však korunovali čeští králové v rámci Českého království. Během hladomoru v letech 1771-72 zemřelo nejméně 250 000 lidí,[35] což vedlo k rozsáhlým nevolnickým nepokojům.[36] Náboženskou toleranci a zrušení nevolnictví přinesly až reformy Josefa II. v roce 1781.
Od 17. až do počátku 19. století rovněž probíhala centralizace
monarchie. Této centralizaci napomáhalo preferování německého jazyka ve
státní i církevní správě. V odpověď na poněmčování kultury i jazyka se
koncem 18. století začalo v českých zemích projevovat české národní obrození,
tedy snaha o obnovu české kultury a jazyka a později i o získání
politické moci stranami, zastupujícími zájmy českého etnika. Ve druhé
polovině 19. století nastal v Česku i významný hospodářský a kulturní
rozvoj. Většina (asi 70 %) průmyslu Rakouska-Uherska byla soustředěna v
Českých zemích.